いもうとは、「いもひと（妹人）」が転じた語で、「いもと」とも言う。
古く、「いも（妹）」は男性が胴腹の姉妹や妻・恋人などの女性に対し、親しみをこめて呼ぶのに用いた語で、「いもうと」も同様の意味で用いられていた。
「いも（妹）」は「母」を指す「おも」、「女」を指す「め」と関係があり、近親の女性を指したのが原義と思われるが語源は定かではない。
「いも」に対する語は、「おと（おとうと）」ではなく「せ（背・兄）」で、「いもうと」に対する語は「しょうと（兄人）」であった。
妹が年下の女きょうだいに限定された例は平安時代から見られるが、これは漢語の「姉妹（しまい）」からの引用で、現在「妹」が「年下の女」を指す言葉として用いられるのも、漢語「姉妹」の影響によるものと思われる。