「卵」と「玉子」の漢字の使い分けに明確な基準はないが、一般的に、生物学上では「卵」と表記し、調理されたものや食材に使用するたまごは「玉子」を用いる。
ただし、魚類など鳥類以外のたまごは調理済みであっても「玉子」と表記せず、鶏のたまごは食材に使用されることが多いため、調理の有無に関係なく「玉子」と表記されることもある。
また、「ゆで玉子」と「ゆで卵」、「玉子焼き」と「卵焼き」の表記があるように、調理済みの鶏のたまごであっても「卵」と書かれることがあり、例外も多い。
「医者の卵」など比喩的に用いる「たまご」は、孵化に例えたものであることから、「医者の玉子」と表記することはない。
漢字の成り立ちから見ると、卵は魚などの丸くて連なったたまごの形を模した象形文字で、孵化すると子になるものを表す。
たまごの古名「殻の子（かひのこ）」にも当てられており、たまご全般を指すのは「卵」となる。
玉子は、殻に入った鳥のたまごの丸い形から「玉の子」で「玉子」となったもので、食材にされる鳥類のたまごが「玉子」と書かれるのはこのためである。