みたらし団子の「みたらし」を漢字で「御手洗」と書くのは、元を辿れば「御手洗い」に由来するためである。
みたらし団子は、京都市左京区の下鴨神社の御手洗会（御手洗祭）の折に、氏子が家々で作っていた団子が元になっており、のちに境内の茶屋で売られるようになった。
「みたらし団子」の名は御手洗会にちなんだもので、ここから全国に広がっていった。
この神事が「御手洗会（御手洗祭）」と呼ばれるのは、毎月7月の土用の丑の日（昔は6月20日から月末）に参拝者が社前の「御手洗川（みたらし池）」に足をつけて無病息災を祈ることに由来する。
御手洗川の「御手洗（みたらし）」は、神仏を拝む際に参拝者が手を洗ったり、口をすすいで禊をする場所のことである。