夜船の語源は、二説ある。
ひとつは、おはぎの作り方に由来する説。
おはぎはもち米とうるち米を混ぜて炊き、すりこぎで半つきにして作るため、餅と違って杵を搗く（つく）音がせず、いつ搗いたか分からない。
夜の船は暗くて、いつ着いたか分からない。
そこから、「いつの間にか搗く」と「いつの間にか着く」を掛けて、おはぎを「夜船」と呼ぶようになったとする説。
もひとつは、おはぎの見た目に由来する説。
おはぎは中が白く、外が黒いところから、中が明るく、外が暗い夜船にたとえたというものである。
断定はできないが、おはぎの別名の多くは「搗く」に由来するため、夜船も「着く」に掛けたと思われる。