ワクチンは、英語「vaccine」からの外来語で、「牝牛」を意味するラテン語「vacca」に由来する。
1796年、イギリスの医学者 エドワード・ジェンナーが、牛痘ウイルスを人に接種することで天然痘の予防ができることを発見した。
その後、新種のワクチンは作られていなかったが、1870年代、フランスの細菌学者 ルイ・パスツールが、さまざまな感染症に対するワクチンの製造法を確立した。
パスツールは、世界初のワクチンを発見したジェンナーに敬意を示し、これを「ワクチン」と命名した。
ウイルス対策ソフトを意味する「ワクチン」は、ウイルスにたとえた「コンピュータウイルス」を駆除するためのソフトであることから、比喩的に用いたものである。