お屠蘇の語源には、「蘇」が悪鬼で、それを屠る（ほふる：体を切ってばらばらにする意）とする説。
鬼気を屠り、魂を蘇生させる意味からとする説。
「屠蘇」という名前の草庵に住む人が、大晦日の夜に里人に薬を配り、それを元日に飲ませたという故事からとする説。
中国の西方地域に伝わる薬草の名など諸説あり、正確なことは分かっていない。
本来、お屠蘇には山椒の実や桔梗の根、肉桂の樹皮など数種類の生薬を調合した「屠蘇酸」を浸したものをいう。
しかし、現代では、屠蘇酸を浸していないただの日本酒でも、正月の祝い酒として飲むものを「お屠蘇」と呼ぶことも多い。
元日にお屠蘇を飲む風習は中国唐代にはじまり、日本では9世紀の桓武天皇の時、宮中の元旦行事として受け入れられ、その後、庶民へと広まった。