ふけの語源には、「ふけ（陳化）」や「ふるあかむけ（古垢剥）」の意味、「ふけ（浮垢）」の意味や「こけ（苔）」の転など諸説ある。
垢に似たもので剥がれて浮き上がってくることから、この中では「浮垢」の意味が有力と思われる。
ただし、「垢」は「あ」の音が強いため、ふけの「け」は「垢剥」の意味で「古垢剥」か「浮垢剥」が良いかもしれない。
また、体から出るものではないが、印象的に「苔」も近いものがあり、「浮苔」で「ふけ」になったとも考えられる。
漢字の「雲脂」は、白く雲のようであるところからの当て字。
「頭垢」は、意味からの当て字である。