コウモリは、平安中期には「カハホリ」と呼ばれ、平安末期には「カハボリ」と濁音化された。
その後、幾度かの音変化を経て、「コウモリ」という名前になった。
コウモリの語源には、川辺の洞窟などにいることから、川を守るものの意味で「川守（かわもり）」や、蚊を食べることから「蚊屠り（かほふり）」、蚊を好むことから「蚊を欲り（かをほり）」など諸説ある。
しかし、「かわもり」は音変化の過程にある語なので考え難く、「カハボリ」の「カハ」が「皮」のアクセントと一致することから、「蚊」に由来する説も難しい。
「皮（かは）」と「ほり」からなり、「ほり」は「張り」か「振り」が転じた「皮張・皮振」で、コウモリは翼としている薄い飛膜に由来するものと考えられる。