人間ドックの「ドック」は、船の修理や建造用の施設「dock（ドック）」のこと。
ドックが次の航海で事故が起こらないよう、完全な点検・修理をするために入る場所であることから、人間を船に見立て「人間ドック」と名付けられたといわれる。
「人間ドッグ」と言うのは誤りで、犬とは一切関係ない。
人間ドックは、国立東京第一病院（現在の国立国際医療センター）と聖路加国際病院で、昭和29年（1954年）から始められた。
当初は「短期入院精密身体検査」と呼ばれていたが、同年、読売新聞の特集ページに「人間ドック」と書かれたものが一般に受け入れられ、この呼称が定着していった。