アメンボの「アメ」は「飴」、「ボ」は「坊」の意味、「ん」は助詞「の」が転じたもので、「飴の坊（飴ん坊）」が語源である。
アメンボは、体の中央にある臭腺から飴のような甘い臭気を発するため、この名前がつけられた。
アメは飴の臭いに由来することは確かだが、「ボ」については、体が細いことから「棒」の意味とする説もある。
そのため、アメンボの漢字は「水黽」や「水馬」のほか、「飴坊」や「飴棒」と書かれることもある。
アメンボは雨が降った水溜りでよく見かけるため、「雨ん坊（雨坊）」を語源とする説もある。
しかし、アメンボの「アメ」は「飴」で間違いないため、この説は間違いである。
江戸時代の江戸では、アメンボを「跳馬（チョウマ）」と呼び、畿内では「水澄（ミズスマシ）」と呼んでいた。