笛の語源には、「ふきえ（吹柄）」や「ふきえ（吹枝）」の意味、吹くと良い音が出ることから「ふえ（吹吉）」や、音色からなど諸説ある。
弦楽器の総称「琴」を「弾き物」、管楽器の総称「笛」を「吹き物」と対比して呼ぶように、吹いて鳴らすものなので、ふえの「ふ」は「吹」の意味で良いであろう。
ふえの「え」は「枝」か「柄」のいずれかと思われるが、「枝」と「柄」は同源と考えられているため特定は難しい。
日本最古の笛は縄文時代の「岩笛（石笛）」なので、「枝」や「柄」が語源でないようにも思えるが、「笛」の呼称が初めて見られるのは『日本書紀』であるから、「笛」と呼ばれ始めた時代には細長いものになっていたとも考えられる。
漢字の「笛」の「由」の部分は、「抽」のことで細い穴から抜き出す様子を表しており、「笛」には竹の管から息を抜き出して鳴らすものの意味がある。