おみくじは、「くじ」に接頭語の「み（御）」が付いた「みくじ（御籤）」に、さらに「お（御）」が付いた語で、本来の漢字表記は「御御籤」。
「御神籤」と「み」を「神」と書くのは当て字である
接頭語の「おみ（御御）」が「御神」になっている言葉には、「御神酒（おみき）」や「御神輿（おみこし）」がある。
神仏と関係ない場合は、「御御御付け（おみおつけ）」のように「神」の字が当てられていない。
くじの語源には、棒状の物を使うことが多いため、「串（くし）」からとする説。
箱などに入った物を引き当てることから、えぐって中の物を取りだす意味の「抉る（くじる）」が転じたとする説。
神仏による審判と考え、訴訟や審理・裁判を意味する「公事（くじ）」の転など諸説ある。