平安時代初期には「鹿尾菜」の訓に「比須岐毛 （ひずきも） 」、平安中期には「比支岐毛 （ひじきも）」の読みが当てられている。
干しひじきは、乾燥した杉の枝のようになることから、「ひすぎも（干杉藻）」が「ひずきも」「ひじきも」となり、略されて「ひじき」になったと考えられている。
漢字の「鹿尾菜」は、ひじきの形が鹿の尾の毛に似ていることからといわれ、「ろくびさい」とも読む。
「羊栖菜」は漢名からで、中国語では「ヤンシーサイ」と発音される。
「栖」は「巣」と同じく「すみか」を表すため、「羊の群れのような菜」の意味や、羊は富の象徴であったことから、「羊が宿る菜」の意味とする説もあるが、その由来については分かっていない。
中国では「羊栖菜」のほか、ひじきを「鹿角尖」「海菜芽」「羊奶子」「海大麦」などとも呼ぶ。