「うんこ」の語源は、いきむ声の「うん」に接尾語「こ」が付いた言葉です。一部では「阿吽」の「吽（うん）」との関連も指摘されています。この説によれば、中国仏教で大小便を「吽」、大小便の溜まり場を「吽置（うんち）」と呼んでおり、奈良時代に「吽」が日本に導入され上流語として使われたとされています。その後、「吽」に小さい物を表す「こ」が鎌倉・室町時代に加えられ、「うんこ」と呼ばれるようになったと言われています。
ただし、この説は文献に基づいていないため、作り話に基づく民間語源と考えられています。なお、「うんこ」の「こ」と同様に、「うんち」の「ち」も接尾語と見なされており、「こ」だけが小さい物を指すとは考えにくいとされています。