たんこぶが打撲などで盛り上がった部分を指すのに対し、こぶは臓器にできるものや、物の表面が膨れ上がった部分、紐の結び目など、「塊」といった広い意味でも用いられる。
そのため、打撲による「こぶ」であることが分かるよう、「たん」が加えられて「たんこぶ」になったと解釈できる。
区別のためとした場合、たんこぶの「たん」は、「叩く」の意味や叩いた時の音「タン・トン」、こぶの色から「赤」を意味する「たん（丹）」、多くは頭にできた瘤をいうことから「とう（頭）」の音変化など考えられるが、特定は難しい。
たんこぶの語源には、アイヌ語「tapkop」からという説もある。が、たんこぶは「こぶ」に「たん」が加わった語で、「たんこぶ」の「たん」が略され「こぶ」が生じたわけではないため、この説は採用できない。