どじょうの歴史的仮名遣いを「どぜう」とするものもあるが、「どぜう」は江戸時代に、どじょう屋の暖簾や看板に書かれたもので、どちらかと言えば俗的な表記である。
室町時代の文献に「土長」「ドヂャウ」の表記が見られ、どじょうの歴史的仮名遣いは「ドヂャウ」であるため、「どぜう」にどじょうの語源をもとめることは意味がない。
泥土から生まれる意味で「土生（どじゃう）」を語源とする説もあるが、第二音節が「ジ」と「ヂ」で異なる。
第一音節の「ド」、もしくは第二音節も含めた「ドヂ」は、どじょうの泥に潜る性質から「どろ」や「土（つち）」の語幹が関連することは間違いないであろう。
「ウ」が「魚（ウヲ）」のことで、「ドヂ」＋「ウヲ」から「ドヂャウ」とも考えられないことはないが、変化の過程を決定づけるものがなく、どじょうの語源は未詳である。