ゲンジボタルの名前の由来は諸説あるが、源平合戦に勝利した清和源氏に由来する説が有力である。
昔は、大形のホタルを「大蛍」「宇治蛍」「源氏蛍」、小形のホタルを「姫蛍」「平家蛍」と呼んでいたため、大きさを源平合戦の勝敗に当てはめた名と考えられる。
平家に敗れた源頼政の亡霊がホタルになったという伝説に由来する説もあるが、これは「ゲンジボタル」の名から作られた伝説であろう。
また、腹部が光ることを『源氏物語』の「光源氏」にかけたとする説もあるが、「ゲンジボタル」から「光源氏」は想像できても、光るホタルを見ただけで「光源氏」を想像するか疑問である。
柳田国男は、大型のホタルに一種の力を感じた名で、「ゲンジボタル（験師蛍）」の意味としている。
ゲンジボタルの地方名には「山伏」もあるため、「験師（修験者）」に由来する説も考えられる。