金柑頭は、果物の「金柑（キンカン）」に形状が似ていることと、「金」という光るイメージから連想されて生じた語である。
「キンカハ（金皮・金革）」の下略や、「きんかり」と光るさまからといた説もある。
しかし、「きんか頭」よりも古く、「はげ頭」をさす語として「キンカン」が単独で使用された例が見られることから、文字通り「金柑」に由来すると考えて間違いない。
明智光秀が織田信長に「金柑頭」と呼ばれていたことから、この語が生まれたとも言われる。
しかし、明智光秀のあだ名となったのは司馬遼太郎の小説に由来し、そこから「明智光秀＝ハゲ頭」という図式ができたもので、語源と関連する話ではない。