ワニは元々日本に生息しない生き物であるが、上代からその名は見られる。
しかし、古代の日本で「ワニ」は、「サメ」に対して用いた呼称である。
のちに、鋭い歯が並ぶ口や、獰猛な性質が似ていることから、爬虫類の「ワニ」にこの名が用いられるようになった。
ワニの語源には、その口から「ワレニクキ（割醜）」の意味。
心からおそれ敬うものの意味から「アニ（兄）」の転。
「ワタヌシ（海主）」の略や、「オニ（鬼）」の転。
オロッコ族の言葉で「アザラシ」を指す「バーニ」からなど、諸説あるが未詳である。
ワニの漢字「鰐」は、呉音・漢音共に「ガク」であるが、日本では古くから「ワニ」と訓読みされている。
「鰐」の「咢」には「驚く」の意味もあるが、ここでは「がくがくと噛み合わせる」といった意味で、「顎（あご）」と同系である。